湖北医药学院审计处在校党委、行政的领导下，依照《中华人民共和国审计法》、教育部《教育系统内部审计工作规定》以及《湖北医药学院内部审计工作实施办法》，对学校及其下属单位的经济活动进行审计监督，独立行使内部审计监督权，对学校党政领导负责并报告工作。

湖北医药学院审计处现下设财务审计科和工程审计科，承担学校财政财务收支审计和建设工程造价审计工作。

2008年，学校荣获湖北省审计厅颁发的“先进单位”荣誉称号；2010年学校荣获湖北省教育厅颁发的“先进审计机构”荣誉称号；2011年，学校荣获湖北省审计厅颁发的“先进集体”荣誉称号；2014年学校荣获湖北省内部审计师协会颁发的“先进集体”荣誉称号；2020年学校荣获中国内部审计协会颁发的“全国内部审计先进集体”荣誉称号。